In der Fördergeldaffäre hat das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) nach eigener Ansicht "innerhalb kurzer Zeit Transparenz hergestellt".

In der Antwort auf eine Kleine Anfrage der Linken im Bundestag, über die der "Spiegel" berichtet, heißt es, "es wurde aufgeklärt, und es sind Konsequenzen gezogen worden". Die Abgeordneten hatten 13 Fragen zum Ablauf der Fördergeldaffäre gestellt und auf Widersprüche in Aussagen von FDP-Ministerin Bettina Stark-Watzinger, ihrer Pressestelle und ihrer mittlerweile geschassten Staatssekretärin Sabine Döring hingewiesen. Am 11. Juni hatte der NDR E-Mails aus dem Ministerium veröffentlicht, in denen ein BMBF-Referat aufgefordert wurde zu überprüfen, ob man Wissenschaftlern Fördergelder entziehen könne, die sich in einem offenen Brief gegen Polizeieinsätze an Berliner Hochschulen ausgesprochen hatten. Zuvor soll eine Liste mit den Namen jener Unterzeichnenden erstellt worden sein, deren Forschungsarbeit vom BMBF gefördert wird.

Das Ministerium hatte hingegen stets betont, Fördermittel würden "nach wissenschaftlicher Exzellenz und nicht nach politischer Weltanschauung vergeben". Ein Widerspruch, der nach Ansicht vieler Fachleute in Politik und Wissenschaft bisher nicht aufgeklärt ist. "Aufklärung bedeutet bei der Ministerin offenbar Mauern und Aussitzen", sagte Nicole Gohlke, Sprecherin der Linken für Bildung und Wissenschaft im Bundestag. "Es mutet schräg an, wenn das Ministerium erklärt, es sei alles geklärt, während wesentliche Fragen aber unbeantwortet bleiben." Das BMBF habe "offenbar kein Interesse daran, das beschädigte Vertrauen wiederherzustellen".