E-Rechnung: Steuerprüfer nehmen Verfahrensdokumentation ins Visier

Mit dem Jahreswechsel endet die erste volle Pflichtphase für den Empfang elektronischer Rechnungen. Steuerexperten warnen vor verschärften Betriebsprüfungen.

BERLIN, 29. Dezember 2025 – Während deutsche Unternehmen ihre Bücher für 2025 schließen, richten Steuerberater einen dringenden Appell an die Wirtschaft. Der Grund: Für das erste komplette Jahr der Empfangspflicht für B2B-E-Rechnungen stehen nun die Betriebsprüfungen an. Der Fokus der Finanzbeamten wird sich dabei massiv auf ein oft stiefmütterlich behandeltes Dokument lenken: die Verfahrensdokumentation. Prüfer haben erstmals den klaren Auftrag, nicht nur die Existenz der Rechnungen, sondern die technische und organisatorische Validität des gesamten Empfangsprozesses lückenlos zu überprüfen.

Die unterschätzte Falle: Die Verfahrensdokumentation

Seit dem 1. Januar 2025 müssen Unternehmen im Inland gestellte Rechnungen elektronisch empfangen können. Die meisten Firmen haben zwar Software für Formate wie XRechnung oder ZUGFeRD implementiert. Viele vernachlässigten jedoch die Aktualisierung ihrer internen Prozessbeschreibungen. Ein teurer Fehler?

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Die Verfahrensdokumentation gilt als „Betriebsanleitung“ des Buchführungssystems. Sie muss nachweisen, dass die Prozesse zum Empfangen, Validieren und Archivieren digitaler Rechnungen den Grundsätzen zur ordnungsmäßigen Führung und Aufbewahrung von Büchern (GoBD) entsprechen. Fehlt diese Dokumentation oder beschreibt sie die digitale Realität nicht korrekt, können die gesamten Buchaufzeichnungen als formell fehlerhaft eingestuft werden. Die Konsequenz: Die Finanzverwaltung könnte die Buchführung beanstanden und zu Hinzuschätzungen greifen – mit potenziell hohen Steuernachforderungen.

Klarstellung des BMF: Formatfehler vs. Geschäftsregelfehler

Ein Prüfschwerpunkt wird die Einhaltung der Regeln sein, die das Bundesfinanzministerium (BMF) im Oktober finalisiert hat. In einem Schreiben vom 15. Oktober 2025 nahm das BMF die E-Rechnungsregeln in den Umsatzsteuer-Anwendungserlass (UStAE) auf. Entscheidend ist die Unterscheidung zwischen zwei Fehlerarten:

• Formatfehler: Verstößt eine Rechnungsdatei (z.B. XML) gegen die technische Syntax des EN-16931-Standards, gilt sie nicht als gültige elektronische Rechnung. Das BMF stellt klar: Solche Dateien berechtigen den Empfänger erst nach Korrektur zum Vorsteuerabzug.
• Geschäftsregelfehler: Semantische Fehler, wie eine fehlende „Buyer Reference“, werden anders behandelt, erfordern aber ebenfalls definierte Protokolle.

Unternehmen müssen nun dokumentieren, wie ihre Systeme diese Fehler erkennen und welche „Validierungsschleifen“ nicht konforme Dateien abweisen. Prüfer werden Beweise verlangen, dass diese Schritte im gesamten Jahr 2025 aktiv waren.

Archivierung: Das XML ist der neuen Maßstab

Eine weitere Hürde für die Prüfungen 2025 ist die Archivierung. Nach der GoBD-Aktualisierung vom 14. Juli 2025 wurden die Anforderungen verschärft. Für strukturierte E-Rechnungen ist klar: Der XML-Datensatz ist das Original und muss im Originalzustand archiviert werden.

Viele Unternehmen speichern jedoch nur eine „visualisierte“ PDF-Version der Rechnung. Diese Praxis ist für reine XML-Rechnungen wie XRechnung nun ausdrücklich nicht konform. Die GoBD betonen: Eine lesbare Kopie (PDF) ist zwar für interne Kontrollen nützlich, aber die maschinenlesbare XML-Datei muss erhalten bleiben, um die „Integrität und Authentizität“ der Daten zu gewährleisten.

Die Dokumentation muss explizit beschreiben:
1. Wie die XML-Datei beim Eingang sofort gespeichert wird.
2. Dass die Datei im Archivierungsprozess unveränderbar bleibt.
3. Dass die „visualisierte“ Version für die Buchhaltung mit den zugrundeliegenden XML-Daten übereinstimmt.

Ausblick 2026: Der Druck steigt weiter

Während die Übergangsfrist für das Versenden von E-Rechnungen bis 2026/2027/2028 läuft, ist der Empfang bereits jetzt verpflichtend. Marktbeobachter erwarten, dass die Finanzverwaltung die Prüfungen zum Steuerjahr 2025 als „Stresstest“ für die neuen Digitalstandards nutzen wird. Die oft gewährte Nachsicht bei der Einführung neuer Gesetze dürfte für die Verfahrensdokumentation nicht gelten – diese war schon lange vor der E-Rechnungspflicht gesetzlich vorgeschrieben.

Der Rat der Experten an Unternehmen mit veralteter Prozessdokumentation ist einhellig: Nutzen Sie die letzten Tage des Dezembers, um Ihre digitalen Workflows abzubilden, Ihre Validierungsprotokolle zu überprüfen und sicherzustellen, dass die Dokumentation mit der gelebten Praxis übereinstimmt – bevor das Jahr endgültig abgeschlossen wird.

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